全國中小企業股份轉讓系統(以下簡稱全國股份轉讓系統)是經國務院批準，依據證券法設立的全國性證券交易場所，2012年9月正式注冊成立，是繼上海證券交易所、深圳證券交易所之后第三家全國性證券交易場所。在場所性質和法律定位上，全國股份轉讓系統與證券交易所是相同的，都是多層次資本市場體系的重要組成部分。

全國股份轉讓系統與證券交易所的主要區別在于：一是服務對象不同。《國務院關于全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》(以下簡稱《國務院決定》)明確了全國股份轉讓系統的定位主要是為創新型、創業型、成長型中小微企業發展服務。這類企業普遍規模較小，尚未形成穩定的盈利模式。在準入條件上，不設財務門檻，申請掛牌的公司可以尚未盈利，只要股權結構清晰、經營合法規范、公司治理健全、業務明確并履行信息披露義務的股份公司均可以經主辦券商推薦申請在全國股份轉讓系統掛牌；二是投資者群體不同。我國交易所市場的投資者結構以中小投資者為主，而全國股份轉讓系統實行了較為嚴格的投資者適當性制度，未來的發展方向將是一個以機構投資者為主的市場，這類投資者普遍具有較強的風險識別與承受能力；三是全國股份轉讓系統是中小微企業與產業資本的服務媒介，主要是為企業發展、資本投入與退出服務，不是以交易為主要目的。