科創(chuàng)板與新三板在上市定位、上市門(mén)檻、注冊(cè)審核流程、投資要求、交易方式、信息披露和退市監(jiān)管上都存在顯著差別。總的來(lái)看，科創(chuàng)板上市定位明確，注冊(cè)審核全流程電子化公開(kāi)，上市門(mén)檻和投資要求的設(shè)置上綜合平衡風(fēng)險(xiǎn)和流動(dòng)性，擁有系統(tǒng)完善的信披機(jī)制和退市制度；而新三板作為場(chǎng)外試點(diǎn)注冊(cè)制的板塊，上市定位并不清晰，注冊(cè)審核流程十分簡(jiǎn)易，上市門(mén)檻過(guò)于寬松，再疊加投資要求上的過(guò)高設(shè)置，缺少體系完備且執(zhí)行到位的信息披露和退市制度、導(dǎo)致市場(chǎng)流動(dòng)性匱乏。

上市定位方面，科創(chuàng)板是首個(gè)場(chǎng)內(nèi)試點(diǎn)注冊(cè)制的增量板塊，定位于服務(wù)面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場(chǎng)、面向國(guó)家重大需求，主要依靠核心技術(shù)開(kāi)展生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)，具有穩(wěn)定的商業(yè)模式，市場(chǎng)認(rèn)可度高，具有較強(qiáng)成長(zhǎng)性的企業(yè)，重點(diǎn)支持新一代信息技術(shù)、高端裝備、新材料、新能源、節(jié)能環(huán)保以及生物醫(yī)藥等六大領(lǐng)域。而新三板屬于場(chǎng)外市場(chǎng)，其成立之初主要服務(wù)北京中關(guān)村的高科技企業(yè)。2014年1月24日，新三板正式宣告成為全國(guó)性的證券交易市場(chǎng)，至此，新三板的上市定位已不僅僅局限于高科技企業(yè)。

注冊(cè)審核流程方面，科創(chuàng)板試點(diǎn)注冊(cè)制審核進(jìn)度全流程電子化公開(kāi)，企業(yè)需要經(jīng)歷提交申請(qǐng)、受理、問(wèn)詢(xún)、上會(huì)、注冊(cè)等多個(gè)環(huán)節(jié)，尤其是多輪問(wèn)詢(xún)的公開(kāi)，在“問(wèn)出一家真公司”的同時(shí)，幫助投資者更全面地了解擬上市公司；而新三板的注冊(cè)審核流程則明顯更加簡(jiǎn)易寬松，掛牌流程相對(duì)簡(jiǎn)單，企業(yè)向全國(guó)中小企業(yè)股份轉(zhuǎn)讓有限公司(下稱(chēng)“全國(guó)股轉(zhuǎn)公司”)提交掛牌申請(qǐng)材料后，全國(guó)股轉(zhuǎn)公司有針對(duì)性地提出問(wèn)詢(xún)，企業(yè)和項(xiàng)目組反饋之后，若無(wú)問(wèn)題，在收到全國(guó)股轉(zhuǎn)公司的“無(wú)異議函”后即可辦理股權(quán)登記和簡(jiǎn)稱(chēng)、代碼分配。

上市門(mén)檻方面，針對(duì)不同性質(zhì)的企業(yè)，科創(chuàng)板設(shè)置了不同的上市標(biāo)準(zhǔn)。如針對(duì)境內(nèi)同股同權(quán)的企業(yè)，設(shè)置了五套以市值為核心的上市標(biāo)準(zhǔn)，具體指標(biāo)涉及市值、營(yíng)收、凈利、現(xiàn)金流以及研發(fā)費(fèi)用等多個(gè)指標(biāo)的多種組合，且隨著企業(yè)經(jīng)營(yíng)穩(wěn)定性的降低，對(duì)市值等指標(biāo)的要求就越高。相比之下，新三板的掛牌要求則寬松得多，多為規(guī)范性的定性要求，如果僅僅是掛牌，硬性量化指標(biāo)僅需經(jīng)營(yíng)滿兩年。過(guò)低的掛牌門(mén)檻，導(dǎo)致新三板企業(yè)良莠不齊，多數(shù)質(zhì)地一般。

投資要求方面，科創(chuàng)板對(duì)個(gè)人投資者設(shè)置了2年以上投資經(jīng)驗(yàn)和50萬(wàn)元總資產(chǎn)的投資門(mén)檻，并沒(méi)有特別針對(duì)機(jī)構(gòu)投資者設(shè)置相應(yīng)要求，而新三板對(duì)個(gè)人和機(jī)構(gòu)投資者均設(shè)定了較高的門(mén)檻，其中個(gè)人新三板開(kāi)戶(hù)條件是2年以上證券投資經(jīng)驗(yàn)和投資者本人名下前一交易日日終證券類(lèi)資產(chǎn)市值在500萬(wàn)元人民幣以上，明顯高于科創(chuàng)板。過(guò)高的投資者門(mén)檻，使得一般只有規(guī)模較大的投資者才能參與新三板交易。

交易方式上，科創(chuàng)板的交易方式更加多樣，除了競(jìng)價(jià)方式和大宗交易等方式外，科創(chuàng)板還新增了盤(pán)后固定價(jià)格交易方式，成為盤(pán)中連續(xù)交易的有效補(bǔ)充。而新三板以做市交易為主，以促進(jìn)市場(chǎng)流動(dòng)性。同時(shí)，新三板企業(yè)掛牌時(shí)無(wú)公開(kāi)發(fā)行環(huán)節(jié)，掛牌初期多數(shù)企業(yè)股票成交低迷。

信披和退市監(jiān)管上，科創(chuàng)板建立了系統(tǒng)完善的信息披露機(jī)制以及退市制度，其中退市制度總體比主板更為嚴(yán)格，退市情形更多、也更加徹底。而新三板雖然掛牌公司所有擬披露的信息都需要經(jīng)過(guò)主辦券商的事前審查，但并沒(méi)有對(duì)后者在此環(huán)節(jié)中擔(dān)負(fù)的責(zé)任作詳細(xì)規(guī)定，信披違規(guī)處罰力度也較輕。同時(shí)，新三板也沒(méi)有完備而嚴(yán)格的退市制度，導(dǎo)致其新陳代謝并不順暢。