三板市場起源于2001年"股權代辦轉讓系統"，最早承接兩網公司和退市公司，稱為"舊三板"。2006年，中關村科技園區非上市股份公司進入代辦轉讓系統進行股份報價轉讓，稱為"新三板"。

2013年12月31日，發展為全國中小企業股權轉讓系統。

新三板，即全國中小企業股份轉讓系統，是經國務院批準設立的全國性證券交易場所，簡稱全國股份轉讓系統。

在三板掛牌的公司大致可分為兩類：一類是原STAQ、NET系統掛牌公司和退市公司，即老三板，2001年6月12日，經中國證監會批準，中國證券業協會發布《證券公司代辦股份轉讓服務業務試點辦法》，代辦股份轉讓工作正式啟動，2002年7月16日第一家股份轉讓公司掛牌。為解決退市公司股份轉讓問題，2002年8月29日起退市公司納入代辦股份轉讓試點范圍。

在代辦股份轉讓系統掛牌的另一類公司是中關村科技園區高科技公司，其股票轉讓主要采取協商配對的方式進行成交，即新三板。新三板針對的是在創立初期、有一定產品、有一定模式、處于發展初期的股份制公司。2006年1月，經國務院批準，中關村代辦系統股份報價轉讓試點正式啟動，其主要目的是探索我國多層次資本市場體系中場外市場的建設模式，探索利用資本市場支持高新技術等創新型企業的具體途徑。

2013年6月19日，國務院常務會議決定，將新三板試點擴大至全國，鼓勵創新、創業型中小企業融資發展。12月13日，國務院《關于全國中小企業股份轉讓系統有關問題的決定》，新三板試點正式擴大至全國。