一是服務對象不同。全國股份轉讓系統的定位主要是為創新型、創業型、成長型中小微企業發展服務。這類企業普遍規模較小，尚未形成穩定的盈利模式。在準入條件上，不設財務門檻，申請掛牌的公司可以尚未盈利，只要股權結構清晰、經營合法規范、公司治理健全、業務明確并履行信息披露義務的股份公司均可以經主辦券商推薦申請在全國股份轉讓系統掛牌；

二是投資者群體不同。我國交易所市場的投資者結構以中小投資者為主，而全國股份轉讓系統實行了較為嚴格的投資者適當性制度，未來的發展方向將是一個以機構投資者為主的市場，這類投資者普遍具有較強的風險識別與承受能力；

三是全國股份轉讓系統是中小微企業與產業資本的服務媒介，主要是為企業發展、資本投入與退出服務，不是以交易為主要目的。

掛牌流程

第一步：初步盡職調查與股份改制

1、確定主辦券商及其他中介機構，簽訂協議

2、各中介機構初步盡職調查，確定改制方案

3、會計師進場審計，出具改制專項審計報告、驗資報告

4、律師協助企業準備公司章程、發起人協議等文件，評估機構出具評估報告

5、召開創立大會，發起設立股份公司

6、工商登記變更手續

第二步：申報材料制作

1、會計師出具兩年一期審計報告

2、律師完成法律盡職調查，出具法律意見書

3、主辦券商組成項目組進行全面盡職調查，制作盡職調查工作底稿、盡職調查報告、公開轉讓說明書等申報材料

第三步：券商內核

1、公司內核小組進行審核，出具內核意見

2、項目組根據內核意見，修改和補充備案文件

3、出具推薦報告

第四步：報送申請材料，審核掛牌

1、向全國股份轉讓系統公司報送掛牌申請材料

2、全國股份轉讓系統公司對材料進行審查，出具反饋意見

3、主辦券商組織企業及其他中介機構進行補充核查，回復反饋意見

4、全國股份轉讓系統公司審查通過(掛牌)

5、報證監會核準(公開轉讓)

6、申請股份簡稱及代碼，股份初始登記，掛牌