企業在新三板掛牌上市的過程，大致分為以下幾個階段：

(一)盡職調查階段

在此階段，主辦券商、會計師事務所、律師事務所等中介機構要進駐擬掛牌企業，對企業進行初步的盡職調查后，討論、確定重大財務、法律等問題的解決方案、股份公司設立前的改制重組方案及股份公司設立方案，確定掛牌工作時間表。

主辦券商及律師事務所應當建立盡職調查工作底稿制度，對擬掛牌企業的財務狀況、持續經營能力、公司治理結構及合法合規事項進行詳細的盡職調查，并在盡職調查完成后出具盡職調查報告，對下列事項發表獨立意見：公司控股股東、實際控制人情況及持股數量;公司的獨立性;公司治理情況;公司規范經營情況;公司的法律風險;公司的財務風險;公司的持續經營能力;公司是否符合掛牌條件。

(二)改制重組階段

企業改制重組是掛牌上市的關鍵環節，改制重組是否規范直接決定了企業能否在新三板成功掛牌。企業改制重組涉及管理、財務、法律等諸多問題，需要主辦券商、會計師事務所、律師事務所等中介機構的共同參與方能圓滿完成。

公司在改制重組過程中應遵循以下五個基本原則：形成清晰的業務發展戰略目標，合理配置存量資源;突出主營業務，形成核心競爭力和持續發展的能力;避免同業競爭，規范關聯交易;產權關系清晰，不存在法律障礙;建立公司治理的基礎，股東大會、董事會、監事會以及經理層的規范運作。具體而言，此階段主要工作有：

1、進行股權融資

擬在新三板掛牌的企業，多數為規模較小，處于成長期的高科技企業，通過銀行貸款等債權融資方式，獲得企業發展亟需的資金往往較為困難，股權融資成為企業解決資金瓶頸、實現快速發展的必然選擇。企業在新三板掛牌后，不僅知名度和信譽得到提升，而且股權的流通性增強，這些都為企業在掛牌前引入戰略投資者創造了機遇，有利于解決困擾擬掛牌企業發展的資金問題。

2、通過股權結構調整、業務重組及組織架構整合，突出主營業務，形成核心競爭力和持續發展的能力，規范關聯交易，解決同業競爭。

3、建立健全股東大會、董事會、監事會、獨立董事、董事會秘書制度，并保證相關機構和人員能夠依法履行職責，形成規范的公司法人治理結構。

4、設立股份公司

擬掛牌企業多為有限責任公司，只有變更為股份有限公司才能在新三板掛牌上市。為了盡快實現掛牌上市，有限公司整體變更為股份時的經營業績連續計算問題成為關鍵，即有限責任公司按原賬面凈資產值折股整體變更為股份有限公司的，存續期間可以從有限責任公司成立之日起計算，存續期滿兩年方可在新三板掛牌轉讓。折股依據是“賬面凈資產值”而非經評估后的凈資產，而且整體變更時不能增加股本和引入新股東，否則公司存續期間不能連續計算。

有限公司整體變更為股份公司大致程序如下：(1)發起人簽署《發起人協議》，約定賬面凈資產值折股方案及公司其他重大事項;(2)先后召開董事會會議及股東會會議，做出全體董事或股東一致同意按《發起人協議》的約定將有限公司整體變更為股份公司的決議;(3)聘請會計師事務所對公司進行審計、評估及驗資;(4)召開股份公司創立大會，審議通過有限公司整體變更設立股份公司的議案，審議通過《公司章程》、《股東大會議事規則》，選舉股份公司首屆董事會及首屆監事會的成員，審議通過關于授權股份公司董事會辦理與股份公司設立有關事宜的決議;(5)辦理工商登記，領取股份公司《企業法人營業執照》，涉及國有資產及外商投資的，須事先到有關主管部門辦理審批手續。

(三)推薦掛牌階段

各中介機構應當出具《股份報價轉讓說明書》、《審計報告》、《法律意見書》等備案材料，擬掛牌企業應當獲得有關主管部門的試點資格確認函。

主辦券商內核機構召開內核會議，對備案文件進行審核并形成內核意見，主辦券商根據內核意見決定是否向證券業協會推薦公司掛牌，決定推薦的，出具推薦報告，并向證券業協會報送備案文件。

協會收到備案文件后，對下列事項進行審查：備案文件是否齊備;主辦券商是否已按照盡職調查工作指引的要求，對所推薦的公司進行了盡職調查;該公司擬披露的信息是否符合信息披露規則的要求;主辦券商對備案文件是否履行了內核程序。協會對備案材料審查無異議，自受理之日起50個工作日內向推薦主辦券商出具備案確認函。

(四)股份掛牌前準備階段

公司股份正式掛牌前，應當與證券登記結算機構(中國證券登記結算有限責任公司)簽訂證券登記服務協議，辦理全部股份的集中登記。投資者持有的非上市公司股份應當托管在主辦券商處。初始登記的股份，托管在推薦主辦券商處。主辦券商應將其所托管的非上市公司股份存管在證券登記結算機構。

掛牌報價轉讓前，掛牌公司應披露股份報價轉讓說明書及其附件(包括《公司章程》、《審計報告》、《法律意見書》、《試點資格確認函》)，推薦主辦券商應在掛牌公司披露股份報價轉讓說明書的同時披露推薦報告。

(五)股份上市交易

1、投資者范圍

新三板市場的投資者僅限于機構投資者和掛牌公司的自然人股東。具體包括：機構投資者(法人、信托、合伙企業等);公司掛牌前的自然人股東(掛牌公司自然人股東只能買賣其持股公司的股份);通過定向增資或股權激勵持有公司股份的自然人股東;因繼承或司法裁決等原因持有公司股份的自然人股東;協會認定的其他投資者。

2、交易方式

新三板市場交易以“股”為單位，每筆委托股份數量應為3 萬股以上。不足3 萬股的，只能一次性委托賣出。

3、交易限制

為了穩定市場，新三板規則對掛牌公司的股份轉讓做了一些限制性的規定：

(1)控股股東、實際控制人掛牌前直接或間接持有的股份，分三批進入代辦系統轉讓，每批進入的數量均為其所持股份的三分之一。進入的時間分別為掛牌之日、掛牌期滿一年和兩年。掛牌前十二個月內控股股東及實際控制人直接或間接持有的股份進行過轉讓的，該股份的管理適用前條的規定。

(2)掛牌前十二個月內掛牌公司進行過增資的，貨幣出資新增股份，自工商變更登記之日起滿十二個月可進入代辦系統轉讓，非貨幣財產出資新增股份，自工商變更登記之日起滿二十四個月可進入代辦系統轉讓。

(3)因司法裁決、繼承等原因導致有限售期的股份發生轉移的，后續持有人仍需遵守前述規定。

(4)掛牌公司董事、監事、高級管理人員所持公司股份，按《中華人民共和國公司法》的有關規定進行轉讓限制。